Este Poder del Estado tiene como misión esencial administrar justicia.
La Corte Suprema de Justicia es el más alto tribunal existente en el país. Es un órgano colegiado integrado por 21 ministros. Su jurisdicción abarca todo el territorio nacional. Le corresponde la superintendencia directiva, correccional y económica de todos los tribunales de la nación, salvo el Tribunal Constitucional, el Tribunal Calificador de Elecciones, los Tribunales Electorales Regionales y los Tribunales Militares.
Los integrantes del Poder Judicial deben establecer lo que es justo para cada caso particular del cual les toca conocer y fallar, enmarcado dentro del ordenamiento jurídico vigente y según su competencia.
En la Constitución de 1980 se establece que el Poder Judicial tiene "la facultad de conocer de las causas civiles y criminales, de resolverlas y de hacer ejecutar lo juzgado, pertenece exclusivamente a los tribunales establecidos por la ley. Ni el Presidente de la República ni el Congreso pueden, en caso alguno, ejercer funciones judiciales, avocarse a causas pendientes, revisar los fundamentos o contenido de sus resoluciones o hacer revivir procesos fenecidos" (capítulo VI, artículo 73).
Jerárquicamente, por debajo de la Corte Suprema, se encuentran las Cortes de Apelaciones, que se distribuyen a lo largo del territorio nacional. Dependiendo de la Corte de Apelación respectiva se ubican los juzgados, que pueden ser del crimen, civiles, de menores, de familia y del trabajo.
El Ministerio Público, organismo creado a partir de una ley orgánica constitucional, es una institución autónoma y jerarquizada presidida por un Fiscal Nacional e integrada por 16 fiscales regionales y 625 adjuntos, con 378 jueces en lo penal y 404 de garantía, que asumen un papel imparcial en la resolución de los conflictos.
Las bases constitucionales del Poder Judicial están dadas por los principios de:
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Independencia de los otros poderes del Estado para el cumplimiento de sus funciones.
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Legalidad, es decir, los tribunales deben estar establecidos por ley al igual que las causas que tramitan y fallan.
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Inamovilidad, los jueces permanecen en sus cargos aunque no de manera absoluta, permitiendo que los tribunales actúen libres de presiones y con imparcialidad.
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Inexcusabilidad, los jueces deben resolver siempre los asuntos de su competencia, sometidos a su consideración a pesar de que no exista una ley respectiva.
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Responsabilidad de los actos que se ejecutan dentro de las funciones como jueces.